研究院下设决策咨询与技术服务部、人才培养与教育培训部、对外传播与侨务事业部

决策咨询与技术服务部：主要面向政府部门、园区企业和中印尼海洋食品产业发展，开展涉及中印尼产业、经贸等发展的决策咨询服务，为企业提供技术指导，推动新产品、新技术的开发和应用。

人才培养与教育培训部：主要面向中印尼产业发展，开展人才培养和职业教育培训。人才培养依托印度尼西亚语和汉语教育专业优势，聚焦产业链人才需求，推动“印度尼西亚语+”复合型应用型人才培养，推进“中文+”留学生教育。教育培训依托印尼中资企业共建中印尼海丝职业教育培训中心，联合中企侨企在印尼建设“中文工坊”,有针对性地面向印尼从业人员开展职业教育培训，助力提高印尼中资企业员工素质和专业技能。

对外传播与侨务事业部：主要面向印尼和印尼华侨华人开展文化交流，讲好中国故事、传播福建声音，促进中印尼民心相通，筑牢中华民族共同体意识，服务中印尼全面战略伙伴关系发展。